Jeżeli kiedykolwiek natkniecie się na problem:
It is an error to use a section registered as allowDefinition='MachineToApplication' beyond application level. This error can be caused by a virtual directory not being configured as an application in IIS.
generowany przez VS podczas buildu i wskazujący na plik web.config, usuńcie katalog obj i spróbujcie ponownie – powinno pójść.
PS.: clean solution z VS nie zawsze działa, tak naprawdę przy tym błędzie nie działa – choć są to moje doświadczenia, po prostu nigdy to dla mnie nie zadziałało, zaś fizyczne usunięcie tak.